長期以來海洋生物多樣性之重要性受到忽略，然而，從分類系統之最高階層-門（phylum）-來看，全球現生生物有88％的門分布在海洋中，因此，保有著最多樣的生物種與基因型，意味著可供人類發掘利用的豐厚潛能。

台灣四面環海，海岸線長達1141公里，另外更有小島70餘座，使海岸線全長增加500公里，因為地質的差異，使得台灣及各小島沿海之底質差異甚大。西海岸是以沙泥為主的淺水環境，南部(高雄永安、竹滬和茄萣) 與北部(關渡、淡水和挖子尾)河口有紅樹林；南北兩端及離島有珊瑚礁；東海岸為陡峭之岩礁深海；如此多樣的底質與地形，提供了性質迥異的棲地，孕育各類多樣的魚類、蝦、蟹、貝。也是許多候鳥遷徙，魚類洄游的落腳處。也因此，台灣面積雖小，佔全球陸地面積不及0.025％（36,000 km2/148,920,000 km2），但台灣海域生物種類之多，卻可達全球物種之1/10，這樣高的多樣性，是等域面積平均值的500倍（邵廣昭，1995）。

台灣海域生物種類豐富的原因除了上述複雜的底質、地形及海流外，也是由於台灣鄰近全球海域物種源最豐富的印度－西太平洋區有關。台灣恰位於印尼、菲律賓海洋生物幼體向北擴散遷移的路徑上；過去兩百萬年來，冰期－間冰期中海水面的升降，更造成生物之遷徙與隔離，使得小島林立，星羅棋布的南海及向北延伸的島弧串週遭的淺海海域居棲了最多樣的生物。

台灣海域原本漁業資源頗豐，自五O年代年產5萬公噸增加到目前130萬公噸，但由於過漁(overfishing)、棲地破壞及污染等原因，漁產量已開始大幅減低，近海漁產資源的枯竭已經成為我國漁業政策極需正視的一個問題。在資源枯竭的壓力下，漁民以非法之毒、電、炸魚，以底拖網入侵珊瑚礁岸，破壞棲地，或追求高利潤之鯃鱙類（子稚魚），飛魚卵、烏魚卵之採捕等「殘害幼苗」、「殺雞取卵」漁獲方式，更使資源枯竭的問題雪上加霜，積重難返。

全球漁獲量也有下滑趨勢，從1955年之3000萬增加到1990年的1億噸後，似乎已到達極限（圖13-3），目前除了印度洋之年漁獲量仍持續上揚，大西洋及太平洋皆在1980∼1990年達於顛峰，1990年以後已呈下滑之疲態（Safina, 1995）。